1.按定位級別分類?？煞譃閷W生級、實驗級、研究級生物顯微鏡。

　　2、按目鏡個數(shù)分類?？煞譃閱文啃?、雙目型、三目型生物顯微鏡。

　　3.按目鏡和移動臺的相對位置分類。可分為正置生物顯微鏡和倒置生物顯微鏡。正置(通常)生物顯微鏡的鏡子在移動臺上，倒置生物顯微鏡的鏡子在移動臺下。

　　4.按成像原理分類?？煞譃楣鈱W生物顯微鏡和電子生物顯微鏡。光學顯微鏡主要由眼鏡、物鏡、載體臺和后視鏡(集光鏡)組成。眼鏡和物鏡都是凸鏡，焦距不一樣。物鏡的凸鏡焦距小于目鏡的凸鏡焦距。物鏡相當于投影儀的鏡頭，物體通過物鏡成為倒立、擴大的現(xiàn)實圖像。眼鏡相當于普通的放大鏡，這個形象通過眼鏡成為正立放大的虛像。從顯微鏡到人眼的物體成為倒立擴大的虛像。電子顯微鏡是根據(jù)電子光學原理，通過電子束和電子鏡代替光束和光學鏡片，使物質(zhì)的細微結(jié)構(gòu)在非常高的放大倍數(shù)下成像。電子束的波長遠小于可見光的波長，即使電子束的錐角只有光學顯微鏡的1%，電子顯微鏡的識別能力也遠遠優(yōu)于光學顯微鏡。光學顯微鏡的放大倍率約為2000倍，現(xiàn)代電子顯微鏡的放大倍率已超過300萬倍。